机关部门
- 党政办公室
- 党委组织部（含党委党校）
- 党委宣传部（含新闻中心）
- 党委统战部
- 纪委办公室·纪检监察处
- 党委教师工作部·人事处·人才办
- 党委政保部·公安处·保卫处
- 离退休工作部门党委·离退休处
- 职能部门党委
- 本科生院
- 研究生院
- 一流大学建设办·学科建设办
- 学生工作部·武装部
- 科学技术处（乡村振兴办公室）
- 心理健康咨询服务中心
- 社会科学处
- 国际合作与交流处
- 财务管理处
- 资产与实验室管理处
- 招标与采购管理中心
- 审计处
- 基建处
- 法律事务办公室
- 校团委
- 校工会（含社区办）
教学科研单位
- 文学院
- 历史与档案学院
- 马克思主义学院
- 民族学与社会学学院
- 政府管理学院
- 工商管理与旅游管理学院
- 经济学院
- 法学院
- 外国语学院
- 新闻学院
- 艺术与设计学院
- 昌新国际艺术学院
- 体育学院（含足球学院）
- 汉语国际教育学院
- 教育学院
- 国际关系研究院
- 一带一路研究院
- 高等教育研究院
- 数学与统计学院
- 物理与天文学院
- 化学科学与工程学院
- 地球科学学院
- 生态与环境学院
- 生命科学学院
- 医学院
- 信息学院
- 软件学院 人工智能学院
- 建筑与规划学院
- 材料与能源学院
- 云南马来亚学院（现代工学院）
- 古生物研究院
- 生物医药研究院
- 国际河流与生态安全研究院
- 农学院（资源植物研究院）
- 云南生物资源国家重点实验室
- 药学院
- 自然资源药物化学重点实验室
- 天文研究所
- 西南联合研究生院
- 生物多样性研究院
- 高原湖泊生态与治理研究院
- 西南边疆少数民族研究中心
- 西南跨境生态安全重点实验室
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